• Debido a que el sistema de doble ciego [3] se utiliza muy poco por su falta de sentido práctico, a menudo existen denuncias sobre que los artículos son juzgados por la reputación del autor, no por su calidad.

  Un artículo excelente [4] escrito por un científico nuevo o disidente puede ser rechazado, mientras que un artículo de menor calidad pero no controversial, escrito por un investigador conocido, puede pasar el proceso de revisión de colegas [5].

• Todo el proceso, especialmente para revistas [6] prestigiosas, es muy largo y costoso. Los artículos pueden estar demorados durante muchos meses hasta que llegue su aprobación y si un investigador tiene planificada una serie de experimentos [7], esto puede obstaculizar su progreso.

• Gran parte del poder de decisión está en manos de los editores, que son el vínculo entre el autor y el árbitro. En la mayoría de los casos, esto está bien y ayuda a que el proceso fluya, pero a veces puede dar lugar a un mal uso de esta autoridad. Con frecuencia, los editores son acusados ​​de rechazar arbitrariamente manuscritos antes de que lleguen a los colegas.

• Existe evidencia que indica que las decisiones son a menudo juzgadas por país: es más probable que una revista con sede en EE.UU. rechace artículos que no sean de su país, sin importar su calidad.

• A los revisores colegas se les puede dificultar la detección de conflictos de intereses, como la fuente de financiación [8] de un investigador. Simplemente pueden comprobar que la investigación haya seguido los protocolos aceptables.

• Si bien el proceso puede percibir omisiones y errores evidentes, es imposible que los críticos detecten determinados engaños [9] sin reproducir el experimento. Esta limitación no es catastrófica, pero las revistas sin duda podrían hacer un mejor trabajo para dejar esto en claro.

• No existe un sistema de calificación de la calidad de la revisión de colegas. Cada revista tiene sus normas y no hay manera de conocer la experiencia y calidad de los críticos o editores. En el pasado, las revistas de menor reputación tenían menos lectores, pero Internet ha permitido que éstas tengan la misma accesibilidad y uso que las demás.

Ventajas del proceso de revisión de colegas [10].